Territorialmente está enclavada entre dos partidos: el área urbana está bajo jurisdicción del partido de Balcarce pero casi todo el entorno rural corresponde al de Lobería. Se podría decir, sin embargo, que es una comarca tripartita, ya que algunos campos lindantes están en territorios de Tandil. Las tres instituciones educativas de Napaleofú están administradas por el Consejo Escolar de Lobería.

El pago de Napaleofú se fue constituyendo como tal a partir de las estancias de la zona. Pero el pueblo propiamente se originó con la llegada del Ferrocarril del Sud, luego denominado General Roca.

Como muchos topónimos de la zona, napaleofú es un vocablo indígena de origen mapuche. "Napa" o "napad", procede de chapad y quiere decir "barro" o "barroso" y el sufijo "leofú", "arroyo" o "río". Probablemente, los aborígenes denominaban así al curso de agua actualmente llamado Arroyo Chico. Napaleofú fue también el nombre de la primera estancia establecida en estas tierras.

Resulta interesante pasear por las calles del pueblo ya que hablan de su identidad y de su historia. Cada calle tiene un nombre mapuche y aquí tienen su significado.